En relations du travail, la FEC assume la négociation de la convention collective de même que la négociation de toute entente nationale qui intervient en cours de convention. Elle assume aussi la participation aux comités de la convention.
Par sa participation au conseil intersectoriel de négociation, la Fédération assume la négociation des objets de table centrale : salaires, retraite et droits parentaux. De même, par la présence du président à la commission sur l'équité salariale et d'un libéré de la FEC au comité technique sur l'équité salariale, elle assure aussi la bonne marche de ce dossier.

C'est la FEC qui assume la coordination des griefs, le coût et la supervision des arbitrages. La FEC offre les avis juridiques, les services conseils sur la convention collective et la législation en matière sociale et de relations de travail. Elle assure régulièrement, par le biais du comité d'information, de formation et d'application de la convention (CIFAC), une coordination étroite entre les syndicats sur l'interprétation et l'application de la convention. La FEC publie aussi trois guides qui s'adressent tout particulièrement aux enseignantes et enseignants à statut précaire : Le guide des précaires - Le guide des chargées et chargés de cours à la formation continue - Le département, le comité de programme et leur coordination. (Voir en pages « Publications ».)

Ces responsabilités de la FEC sont assurées avec la collaboration étroite des experts de la CSQ : avocats, économistes, spécialistes de la retraite, des assurances et de la législation du travail.